Nacido en Colombia. Botánico, summa cum laude en ciencias biológicas por la Universidad de Múnich. Se ordenó de sacerdote. Investigador y especializado en botánica y la flora colombiana.
En 1930, crea y dirige el Herbario Nacional Colombiano. Asimismo funda el Instituto Botánico de la Universidad Nacional para el año 1936, para el año 1953, trabajó mucho hasta ver publicada, la edición príncipe de la Flora de Mutis, que comprende cerca de medio centenar de tomos, esto gracias también a la colaboración con el Instituto de Cultura Hispánica de Madrid. En el año 1955 crea el Jardín Botánico de Bogotá. En la taxonomía científica lleva su nombre el género Perezia, así como varias especies vegetales.
El padre Pérez Arbeláez se dispersó en muchísimas actividades, lo que le impidió terminar trabajos que en su inicio fueron importantes. Pérez fue un verdadero pionero e impulsor de varios tópicos relacionados con la investigación y la cultura; la mayoría de veces, de manera coyuntural. Pérez pasó a ser parte de un grupo de investigación creado por la UNESCO para adelantar una prospección de la Hylea Amazónica (Bosque ecuatorial amazónico), junto con científicos de Bolivia, Brasil, Colombia, Ecuador, las tres Guayanas, Perú y Venezuela; que se agrupó en el Instituto Internacional de la Hylea Amazónica.
Pérez Arbeláez emitió allí importantes planteamientos sobre la necesidad de conocer objetivamente esta importante región del mundo; había que preparar material humano, capaz de dedicar su esfuerzo vital a investigar y analizar científicamente la Amazonia, lo que implicaba planear investigaciones a largo plazo; sólo así era factible revelar el inmenso contenido de la naturaleza de esa porción todavía poderosa del planeta.
La labor docente de Pérez Arbeláez fue muy amplia, centrada, fundamentalmente, en la Universidad Nacional. Fue profesor de biología, botánica y zoología de la Facultad de Medicina; catedrático de botánica y zoología farmacéutica en la Escuela de Farmacia; fundador y director, en 1938, del Departamento de Botánica; también abarcó la antigua facultad de Educación (1932) y la Escuela Normal Superior (1946). De igual manera, fue director de la Exposición Floral del cuarto centenario de Cali (1936), jefe de la sección de Biología Vegetal del Departamento de Agricultura (1937) y colaborador permanente del diario El Tiempo. Todos estos trabajos los realizó simultáneamente con el ejercicio pastoral.
Fue director y fundador del Secretariado Interdiocesano de Educación Católica (1938), capellán y profesor de religión de la Escuela General Santander (1940), vicario y ecónomo de la parroquia de Fontibón (1941), capellán del batallón Guardia Presidencial entre 1947 y 1948.
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